A Presidência, órgão executivo da Fiocruz, é composta por um Presidente e pelas Vice-Presidências de: Pesquisa e Desenvolvimento Tecnológico; Desenvolvimento Institucional e Gestão do Trabalho; Ensino, Informação e Comunicação; de Serviços de Referência e Ambiente; e de Produção e Inovação em Saúde.

Ao Presidente é atribuída a direção das atividades da Fiocruz, em acordo com as diretrizes definidas pelas instâncias deliberativas. Aos Vice-Presidentes cabe assessorar o Presidente na administração da Instituição e coordenar, implementar e avaliar os programas horizontais integrados de pesquisa, ensino, desenvolvimento tecnológico, produção, serviços, informação em saúde e desenvolvimento institucional.